В конце войны лётчик Коити Сикисима совершил вынужденную посадку на острове Одо. Там находилась секретная ремонтная мастерская японских военных. Поздно вечером на базу обрушилось чудовище — гигантский ящер, которого островитяне прозвали Годзиллой.
Коити приезжает в Токио, лежащий в руинах после бомбёжек. Его родители погибли, от родного дома не осталось ничего. Он пытается начать всё заново. Вскоре к нему присоединяется девушка с малышом — она, как и он, потеряла всю семью, а ребёнка нашла в разрушенном городе во время одного из авианалётов.
Годы идут. Постепенно жизнь налаживается. Коити входит в группу, которая занимается очисткой Токийского залива от неразорвавшихся мин. Они выходят в море на старом деревянном судне. Во время одного из таких рейсов из глубин поднимается Годзилла. После испытаний атомных бомб у атолла Бикини чудовище стало ещё огромнее и куда более яростным.